Il programma di ricerca della Scuola è caratterizzato dalla interdisciplinarietà e complementarietà tra metodologie prese da vari settori, come economia, ingegneria, informatica, matematica applicata, fisica, archeologia, neuroscienze cognitive e sociali, storia dell'arte e analisi e gestione dei beni culturali. La ricerca alla Scuola IMT si caratterizza quindi per la presenza simultanea di più metodologie di analisi, in grado di interagire sia a livello educativo che a livello dell'attività di ricerca vera e propria. A IMT si ritiene che superare i limiti di ogni disciplina sia possibile solo combinando una solida e rigorosa competenza disciplinare con l'attitudine a interagire con altre discipline.
La natura interdisciplinare della Scuola si traduce nei diversi ambiti di ricerca articolati in Unità di Ricerca che coprono aree distinte e centrate su: archeologia e storia dell’arte, includendo discipline come la legislazione, l’economia e la gestione del patrimonio culturale; teoria e metodologie di ricerca empirica applicate all’analisi dei sistemi sociali, finanziari e produttivi, con particolare attenzione all’analisi dell’evoluzione delle istituzioni, dei mercati e delle reti socio-economiche; sistemi cyberfisici, che vanno dall’informatica alle tecniche di controllo, la meccanica computazionale e i metodi numerici per la modellazione matematica e la simulazione dei sistemi fisici naturali e artificiali e neuroscienze cognitive, sociali e computazionali, concentrate in particolare sullo studio in vivo dei correlati neurobiologici delle funzioni cognitive, delle emozioni e del comportamento in ambito economico e sociale.
